По типу используемых акваторий подразделяется на речной и морской. Морские суда должны обладать мореходностью, т. е. способностью не разрушаться и не тонуть при волнении; морские суда крупнее речных. Перевозки по озёрам обычно относят к речному транспорту (за исключением самых крупных озёр — таких, как Каспийское море).
Для погрузки и выгрузки служат порты (морские и речные); для пассажиров сооружают морские и речные вокзалы.
